معایب و مضرات کلرزنی عبارتند از: کلرباقیمانده در اثر ترکیب با مواد آلی موجود در آب تولید ترکیباتی موسوم به تری هالومتان ها را می کند که بیشتر متخصصان بر سرطان زا بودن این ترکیبات تاکید دارند. کلرزنی باعث کشته شدن میکروارگانیزمهای موجود در آب می شود. این درحالی